A função setup() é chamada quando um programa começa a rodar. Use esta função para inicializar as sua variáveis, os modos dos pinos, declarar o uso de livrarias, etc. Esta função será executada apenas uma vez após a placa Arduino ser ligada ou ressetada.

Exemplo
/*
Blink
Acende e apaga um LED com intevalos de 1 segundo repetidamente.
Este código de exeplo é de domínio público.

*/

// O pino 13 tem um LED já conectado na maioria das placas Arduino.

// Você pode ou não conectar um diretamente na placa como na imagem.

int led = 13; // cria uma variável do tipo inteiro com o nome led e valor 13

// a função setup roda uma única vez quando a placa é alimentada
// ou quando o botão de reset é pressionado

void setup() {
// inicializa o pino digital como uma saída.
pinMode(led, OUTPUT);
}

// a função loop roda indefinidamente:

void loop() {
digitalWrite(led, HIGH); // acende o LED (HIGH é o nível de voltagem da placa)
delay(1000); // espera de 1 segundo
digitalWrite(led, LOW); // apaga o LED
delay(1000); // espera de 1 segundo
}


Para utilizar o código acima você necessita de uma placa Arduino que pode ser alimentada apenas pela conexão USB e com um LED conectado como mostra a imagem abaixo. Caso um LED não seja conecatdo há um LED SMD conectado ao pino 13 na própria placa que responderá ao código.

imagem gerada com Fritzing

Página de início da referência